エヴァンゲリオン各話紹介 第十三話～～第十五話

第拾参話 　使徒、侵入

シミュレーションプラグのテスト中に、事件は発生した。ネルフ本部内へ初めて侵入する使徒！それは細菌サイズの使徒・イロウルだった。次々に汚染されていくシグマユニット。使徒は猛スピードで進化を続け、遂にマギへの侵入を開始した。マギのコンピュータ３基のうち２基まで乗っ取られたリツコは、進化を促進させ、その終着点である“自滅”へ導く作戦を提案。作戦は間一髪で成功する。いつもは自分のことを語らないリツコだが、この日ばかりはミサトに母のことを話す。マギの３基にはリツコの母の、科学者、母親、女としての人格が分けて移植されていたのだった。

第拾四話 　ゼーレ、魂の座

イロウルのネルフ侵入を疑う委員会は特別召集会議を開き、ゲンドウを問いただす。しかし、ゲンドウはそれを否定した。そのころ、ネルフ本部ではエヴァ同士の機体相互互換試験が行われていた。レイと初号機のシンクロには問題はなかったが、続くシンジと零号機の試験では、エヴァが暴走。それは零号機からシンジへの精神汚染が原因だった。レイたちのいる制御室のガラスを殴り続ける零号機。その様子を見ていたミサトは、零号機がレイを殺そうとしたのではと疑念を抱く。一方、リツコは零号機が殴りたかったのは自分だと確信する。気絶から目覚めたシンジはあの天井を見つめていた。

第拾伍話 　嘘と沈黙

京都で連絡員と接触する加持。その目的はネルフの内偵だった。次の日、シンジはゲンドウと母の墓参りに、アスカは義理デートに、ミサト、リツコ、加持は友人の結婚式に、と別行動をとる。ミサトは泥酔し、自分の弱さをさらけだした。そんなミサトに唇を重ねて黙らせる加持。一方、アスカも、戻らないミサトたちに、自分の恋の終わりを感じとったのか、いたずらにシンジとキスをしていた。翌日、ミサトは加持の内偵活動の現場を押さえる。ミサトは、加持が内務省調査部所属のスパイであることを知っていたのだ。そして、加持がさぐろうとしていたもの、アダムを目撃し、衝撃を受ける。